마법계에 전해지는, 어떤 소원도 이루어 준다는 전설의 "소원의 돌"
그 부활을 기원하며 100년에 한번 열린다는 "대마법 페스티벌"에 미라이들이 도착했다.
그런 와중에 갑자기 나타난 정체불명의 곰, 다크매터가 페스티벌 회장을 덮친다.
미라이들은 프리큐어가 되어 응전하지만, 다크매터에겐 공격이 먹히지 않는다.
다크매터는 자신의 소원을 이루기 위해 소원의 돌을 강탈한 후
모후룬을 데려가버려 미라이와 리코는 프리큐어로 변신할 수 없게 된다.
미라이들은 모후룬을 구하기 위해 찾아나서게 되고,
모후룬도 다크매터에게서 도망친 옛 곰들이 사는 숲에서 만난 아기곰 쿠마타와 만나는데,
그 과정에서 미라이도 모후룬도 지금 자신이 진심으로 원하는 것을 떠올리게 된다.
그리고, 미라이와 재회했을 때 모후룬의 소원이 돌에 전해져, 기적을 일으키게 된다.